QE安装与Linux操作系统使用
(0) 如果计算量大、对性能要求高,并行库、数学库、编译器的安装应该先进行,如果只是试用,可以不安装最优化的库,只安装fortran编译器即可,直接进入第(1)部分。安装先后顺序应该是(a)mkl,fortran编译器,(b)openmpi,因为openmpi依赖fortran编译器。
安装openmpi的步骤和一般linux安装源程序的方式相同,分为配置、编译、安装三步:
./configure --prefix=$HOME/local
make
make install
。在openmpi的安装目录下面应该有mpirun,mpif90等可执行文件。运行mpif90 -v可以查看openmpi依赖的fortran编译器版本。
mkl(Intel math kernel library)、ifort分别是intel优化的数学库、fortran编译器,可以在官网下载,申请免费试用版。安装是交互式的。
GCC中的fortran编译器gfortran可以在系统的软件仓库中安装,例如Ubuntu系统用命令安装:
sudo apt-get install gfortran
(1) 从官网找到安装包,下载完成,得到源程序的压缩文件qe-6.5.tar.gz
解压tar -xzvf qe-6.5.tar.gz
解压完成,会生成一个新目录q-e-qe-6.5, cd q-e-qe-6.5
进入
(2) 配置编译环境变量,在QE目录运行./configure
。
注意结果提示并行环境配置成功,有如下内容:
Parallel environment detected successfully.\
Configured for compilation of parallel executables.
并且找到了mkl库。
编译选项在make.inc,正常是不用改动的,里面有几行可能根据实际情况修改如下,是本机器的编译器,必要时写出完整路径 名
MPIF90 = mpif90
F90 = ifort
CC = icc
F77 = ifort
(3) 编译QE的各个模块
make pw pp
这时要选择要编译的包,作为基本使用(其他可以以后装,ph等要在安装过程中下载,或手动下载复制到archive目录)
这样编译完成后,如果没有出错 ,在bin下面会有可执行文件,大部分是以.x 为后缀,包括pw.x,pp.x等。
支持的编译器和库
gcc 6.4.0
gcc 7.3.0 + openmpi 1.10.7
gcc 7.4.0 + openmpi 1.10.7
intel 17
intel 17 + impi
intel 17.4 + impi + mkl + fftw 3.3.6
intel 18
intel 18 + openmpi 3.1.3
intel 18.05.274 + impi
pgi 18.5-0
pgi 18.5-0 + mvapich 2.3b
List of known unsupported compilers and libraries
gcc 6.X.X or lower with openmp
all the openmpi 2.X.X (memory leak)
https://gitlab.com/QEF/q-e/wikis/Quantum-Espresso-test-suite
Linux操作系统
查看各个命令的说明见(以ls为例):
man ls
ls --help
info ls
常用命令:
ls 列出目录内容和文件信息
cat 查看文件内容
head和tail阅读文件的开头和结尾
head -n 20 显示文件的前20行
tail -n 20 显示文件后20行
less 更好的文本阅读工具
文件目录管理
mkdir:建立目录
rm:删除文件和目录(-r)
mv:移动和重命名目录
cp : 复制文件和目录(-r)
history 查看当前操作的命令历史
常用文本编辑、处理命令,以下几个工具实际上是非常强大,但也是十分复杂的,请参考相关说明文档:
vi/vim
grep
sed
awk
从linux拷贝到windows的文本文件打开时,推荐用Notepad++,系统自带的” 写字板”也可以,但是用”记事本”由于操作系统换行符不兼容,效果不好。
参考书目:
- Linux命令行与shell脚本编程大全(第3版)作者: [美]布鲁姆,布雷斯纳汉, 人民邮电出版社,译者: 门佳 / 武海峰
References
- www.quantum-espresso.org